Pérignon đã hỗ trợ Napoleon I, khiến ông được bầu làm Thượng Nghị sĩ (1801), Thống chế (1804) và bá tước. Năm 1805, ông được thưởng Bắc đẩu bội tinh. Từ tháng 9 năm 1806 đến tháng 7 năm 1808, ông làm Tổng đốc của Công quốc Parma, sau đó là Vương quốc Naples.

Ông quay trở lại Pháp năm 1814 và đã phục vụ vua Louis XVIII. Ông từ chối làm thống chế trong Vương triều 100 ngày và đã bỏ phiếu xử tử Thống chế Michel Ney. Ông được phong làm hầu tước xứ Grenade, thượng nghị sĩ Pháp và được trao thưởng Huân chương Saint Louis. Theo lời bác sĩ George Ostermann kể lại, "Ngài de Perigon đã chết nếu như như Đế chế còn tồn lại, mà điều đó dường như là không thể."